استثنت الاتفاقية المعدلة لتنظيم النقل بالعبور (الترانزيت) بين الدول العربية من أحكامها عدة أصناف، تشمل الأسلحة الحربية والأعتدة والمهمات العسكرية والمواد السامة والخطرة على صحة الإنسان والحيوان والنبات والبيئة، والإعانات الطبية ومواد الإغاثة في أوقات الكوارث والسلع الممنوعة أو المحظورة بموجب تشريع وطني وما تتعارض مع القيم الدينية وأية مواد ترى اللجنة الفنية إدراجها ضمن التصنيف.

وحددت الاتفاقية، التي وافق عليها مجلس الوزراء أخيرا، نطاق تطبيقها، وحالات الاستثناء من التطبيق. ونصت الاتفاقية، المنشورة في صحيفة أم القرى، الجمعة، على أن نقل البضائع والأمتعة الشخصية ووسائل النقل أياً كان منشؤها تعد نقل عبور عبر أراضي إحدى دول الأطراف المتعاقدة سواءً نقلت من وسيلة نقل أخرى أو لم تنقل أو أودعت المستودعات أو لم تودع أو طرأ تبديل على شحنها أو لم يطرأ، على أن يكون المقصد بلد إحدى دول الأطراف المتعاقدة.

وأعطت الاتفاقية الدول الأطراف الحق في منع دخول البضائع إلى أراضيها لأسباب دينية أو أمنية أو صحية أو بيئية أو لكونها بضائع مغشوشة أو مقلدة عندما يثبت لديها ذلك، على أن تتبادل الدول الأعضاء قوائم بتلك البضائع.